апач теперь не русский, соответственно для правильной кодировки нужно ставить
для чистого html
добавить в .htaccess
AddDefaultCharset koi8-r

для php добавить в начало скрипта
ini_set(default_charset,'koi8-r');
либо просить о занесении этой директивы в php.ini

php запущен как cgi соответсвенно http auth работать не будет

mysql4, при коннекте нужно указывать set names $char_set
так же charset можно указывать при создании для database, tables and fields

изменилась структура каталогов, при заходе по ftp нужно зайти в htdocs что бы
увидеть "свои" файлы.

очень толковое описание формата файла .htaccess http://library.hosting-design.net/0/027/article/

хотите прикрыть раздел на своем сайте паролем? Сходите почитайте про .htaccess. Для получения криптованных паролей можно воспользоваться следующей ссылкой. Формат .htpasswd должен иметь вид
username:encrypted_password
например
vasya:$2a$09$9wFrFOtnnhCxoCivt1xyZe6tIM13vdCJsJkueESKABJD0UqorUs1.